SELEPAS PBS kalah pada PRU 1999; Pairin melihat, bahawa tiada peluang parti itu lagi, malah jika meneruskan sebagai parti Pembangkang; maka pada PRU berikutnya, nama parti itu akan hanya kenangan. Atas sebab itu Pairin memohon untuk kembali ke pangkuan BN yang ditinggalkannya pada tahun 1990. Bn adalah gabungan berbagai parti dimana matalamatnya adalah perkongsian kuasa antara berbagai etnik di negara ini; atas sebab itu pada tahun 2002, Perdana Menteri yang juga Pengerusi BN Dato Seri Dr Mahathir Mohammad (kini Tun) bersersetuju agar PBS diterima semula.
PBS sebelum kecundang telah berpecah kepada beberapa serpihan. Antara serpihan parti itu adalah PDS (kini UPKO); PBRS, SAPP. Perpecahan PBS bermula pada tahun 1989 apabila AKAR ditubuhkan.
Antara faktor mengapa PBS tidak boleh lagi menjadi parti tunjang di Sabah kerana perpecahan parti itu; selain faktor persempadanan semula. Sebelum persempadanan, terdapatnya 20 kerusi DUN yang dikuasai mutlak untuk KDM, 20 kawasan oleh bumiputera islam dan 8 kerusi oleh kaum cina; selepas persempadanan, kerusi KDM dan cina tetap sama, manakala kawasan bumiputera islam telah menjadi 32.
Pengwujudan persempadanan baru ini, bertujuan untuk menstabilkan politik Sabah, di mana sebelum ini bergolak setiap 9 tahun. Akibat pergolakan politik itu, maka Sabah menjadi negeri termiskin di negara ini.
Tun Dr Mahathir melihat, bahawa masalah utama di Sabah adalah perseteruan antara kaum, yang berkembang pada tahun 80-an. Akibat perseteruan itu, maka mana-mana pihak yang berkuasa secara terselubung menindas kaum yang kalah. Untuk mengelak perseteruan itu; maka apabila Bn menubuhkan kerajaan negeri, maka diperkenalkan sistem penggiliran Ketua Menteri. Melalui penggiliran itu; telah tercipta satu persefahaman antara kaum, mislanya apabila Tan Sri Chong Kah Kiat dilantik sebagai Ketua Menteri, meskipun dengan satu kerusi DUN, namun setiap etnik baik yang majoriti apatah lagi yang minoriti dapat menerimanya.
Selepas 9 tahun, maka giliran Datuk Musa Haji Aman menjadi Ketua Menteri. Beliau dilantik pada tahun 2003. Sebaik sahaja beliau dilantik, beliau mengwujudkan perancangan untuk membangun negeri yang diekenali sebagai Hala Tuju Sabah. Hala Tuju itu menjadi manifesto pada PRU 2004. Pada PRU itu, BN Sabah menang 24 kerusi Parlimen daripada 25, manakala DUN, BN menang 59. Pada PRU berikutnya, Bn Sabah mengulangi kejayaan itu dengan jumlah kerusi yang sama. Namun pada PRU-13 lalu, untuk pertama kalinya banyak kerusi telah kalah. Kerusi Parlimen kalah 3, DUN 12; meskipun demikian, Bn Sabah masih menubuhkan kerajaan dengan kuasa 2/3; dan menyumbang kerusi yang diperlukan kerajaan Pusat untuk mempertahankan Putrajaya.
Berkurangnya kerusi bagi BN apakah kerusi Parlimen mahupun Dun, bukan sahaja berlaku di Sabah malah seluruh negara. Di Johor misalnya, belum pernah berlaku, bahawa PAS atau PKR akan menang di negeri itu, namun pada PRU-13 ianya berlaku.
Sentimen untuk mengubah kerajaan pada PRU-13 sungguh kuat; malah kaum cina sudah membuat keputusan bulat, bahawa adalah masanya menumbangkan Bn yang diterajui Umno.
Berkat perjuangan para pemimpin terdahulu terutama semasa mahu merdeka dan masa menentang gerakan komunis; masih berpihak kepada Bn, meskipun komponen terdiri 12 parti, banyak kehilangan kerusi, namun Umno bukan sahaja berjaya mempertahankan kerusi yang dimenangi pada PRU-12; di mana untuk pertama kalinya Bn kehilangan kuasa 2/3 di Dewan Rakyat; malah menambah 9 kerusi; meskipun demikian; pencapaian Bn hanya boleh menubuhkan kerajaan dengan majoriti mudah apabila mendapat 133 daripada 222 kerusi parlimen dengan undi popular 47 peratus.
PRU-13, mendapat gelaran atau jolokan sebagai Ibu kepada semua pilihanraya di negera ini, atas sebab itu; jika berlaku perubahan kerajaan, maka akan berlaku pada masa itu. Masa kritikal itu sudah berlalu; atas sebab itu; meskipun pada masa ini banyak sungguh kritikan kepada kerajaan terutama kepada Perdana Menteri; di mana pengeritiknya termasuklah mantan Perdana Menteri- Tun Dr Mahathir; namun Bn berupaya menambat hati rakyat; perkara ini terbukti padai PRK Teluk Intan, di mana kawasan DAP berjaya ditawan Bn. Julung-julung kali selepas tahun 2008, kawasan DAP boleh dimenangi Bn.
Melihat kepada scenario semasa ini, pemimpin dan ahli politik veteran seperti Tan Sri Pairin, melihat; bahawa perubahan kerajaan di negara ini tidak akan bakal berlaku; walaupun di Sabah sendiri; ramai kalangan KDM di mana beliau merupakan Huguan Siaunya; cuba meniupkan sentimen; bahawa Sabah lebih baik jika berada di luar Malaysia.
Pemimpin veteran seperti Pairin melihat, bahawa rakyat Sabah lebih senang dan selesa berada dalam Malaysia; atas sebab itu melalui Mesyuarat Tahunan PBS yang dirasmkian Perdana Menteri pada Ahad, Presiden PBS itu dengan lantang dan tegas beliau dan partinya tetap memperjuangkan/mempertahankan Sabah dalam Malaysia. Ekoran pengakuan dan kenyataan itu; Perdana Menteri menyifatkan beliau sebagai salah seorang patriotik di negara ini.
Pairin tahu dan mengetahui bahawa dikalangan kaumnya ada yang meniupkan kebencian terhadap Persekutuan; malah kaum itu cuba menjadikan isu PATI untuk menarik sokongan; sedangkan masalah itu, merupakan masalah kepada seluruh rakyat negeri ini termasuk kepada kerajaan. Kerajaan terpaksa berbelanja besar termasuk membina depo-depo penahanan, terpaksa berbelanja mengadakan operasi, terpaksa berbelanja melakukan perubuhan rumah-rumah haram dan sebagainya.
Kini Pairin dan Musa sudah sepakat, bahawa Sabah bukan sahaja mahu kekal dalam Malaysia, malah memperkuat komitmen untuk mempertahankan negara ini. Dengan isyarat itu, maka pada mereka yang mempunyai niat mahu membawa negeri ini keluar daripada Malaysia; lebih baik menghayati Rukun Negara dan Pelembagaan negara kita.